Ambientado em 1476 na Itália, 285 anos depois do primeiro Assassin's Creed, esta trilogia se inicia na história de Ezio Auditore, trazendo novos tipos de missões em Veneza, Florença e Roma, onde Ezio adquirirá a habilidade necessária para se tornar um assassino, e administrar uma vila que pertence a sua família, chamada Monterigione, construída por Altair.

Ao decorrer dos 3 games Ezio entra em uma luta épica contra a poderosa Ordem dos Templários. Agora Ezio deve partir para a maior cidade da Itália, Roma, centro do poder, ganância e corrupção, para atacar o núcleo do inimigo.

Para derrotar os tiranos corruptos será necessário não apenas força, mas liderança, com Ezio comandando toda a irmandade de assassinos.